L'impost sobre el Valor Afegit es regula per la Llei 37/1992, de 28 de desembre (BOE de 29.12.92), i pel Reial decret 1624/1992, de 29 de desembre (BOE de 31.12.92), pel qual s'aprova el Reglament de l'impost.

L'IVA és un impost que pretén gravar, mitjançant un procediment especial, l'adquisició de béns i serveis pel consumidor, és a dir, qui paga realment l'IVA és el consumidor final que adquireix els béns i serveis per satisfer les seves necessitats. Després de cada trimestre es computarà el deute per IVA, que resulti de la diferència entre l'IVA recaptat, repercutit o cobrat als clients i l'IVA suportat o pagat als proveïdors, i si la diferència es positiva s'ingressarà a l'Agència Tributària dins dels 20 dies següents a l'acabament del període impositiu. En cas contrari es demanarà la compensació per al següent trimestre.

Tot i que segons l'article 7 del Reglament s'inclou com a exempció de l'IVA l'educació, alguns ingressos del centre donaran lloc a l'emissió de factures, les quals hauran d'incloure l'IVA cobrat pel centre, que comptablement tindrà un tractament extrapressupostari.

Les possibles factures de caràcter habitual emeses pel centre incorporaran l'IVA corresponent, el qual s'ha de comptabilitzar com a tal pel centre, i ingressar-se en l'Agència Tributària. Els ingressos derivats de la cessió d'ús d'instal·lacions, d'immobles i de material del centre, de la venda de l'excedent d'energia solar... ens obliguen a fer la declaració trimestral d'IVA (Document 300, regulat per l'Ordre de 20 de gener de 1999, BOE de 22.01.99).

L'Ordre de 19 de novembre de 2001 aprova el model 390 de declaració resum anual de l'impost sobre el valor afegit en euros (BOE de 24.11.01). Aquest imprès de declaració resum d'IVA és presentarà a l'Agència Tributària juntament amb la primera declaració d'IVA (Document 300) de l'exercici següent.

En qualsevol pagament que es realitzi a una persona física exercint una activitat de tipus professional (per exemple un conferenciant), s'ha d'efectuar la retenció en concepte d'IRPF, l'ingrés de la qual s'efectuarà, trimestralment, amb el document model 110 (Ordre de 30 de gener de 2001. BOE de 01.02.01). Per a l'any 2003, hi ha la previsió que aquest ingrés s'hagi d'efectuar mensualment.

La declaració de retencions i ingressos a compte, model 110, serà única per a cada entitat obligada a retenir o obligada a ingressar a compte i es podrà efectuar amb imprès o per via telemàtica (Ordre d'Hisenda de 30 de setembre de 1999. BOE de 01.10.99)

L'imprès es presentarà a l'Agència Tributària dins dels 20 dies següents a l'acabament del període impositiu (és a dir, de l'1 fins el 20 d'abril, de juliol, d'octubre i de gener, respectivament).

Deixant de banda qui és l'òrgan competent per efectuar aquest tipus de pagament (serveis central del Departament d'Ensenyament o els diferents centres), les despeses en concepte de transport (per exemple els 20 cèntims d'€/Km) mitjançant un full de "dietes" de desplaçament pagades al professorat no han d'incloure retenció en concepte d'IRPF.

Estan obligats a presentar el model 110 les entitats que han satisfet durant el trimestre natural objecte de declaració, rendes dineràries o en espècie subjectes a retenció (activitats professionals, prestació d'assistència tècnica...)

Dins dels 20 primers dies naturals del mes de gener de cada any es presentarà l'imprès del resum anual de retencions i ingressos a compte, model 190 (Ordre de 27 de juliol de 2001. BOE de 03.08.01. Modificada per l'Ordre/Hisenda/1830 de 11 de juliol de 2002).